不同水域，对保洁船性能有着差异化要求。大型水库、干流河道水面开阔，汛期会汇集大量树枝、生活垃圾，适合配备大容量自航式保洁船。这类船只续航能力强，收集舱容积大，可长时间连续作业，集中处理大规模漂浮物。城市景观河道、公园人工湖人流量大，水域狭窄，周边注重安静环境，优先选用浅吃水小型电动保洁船。船体小巧灵活，转弯便捷，低噪音运行不会干扰周边居民与游客。
针对水草泛滥区域，可以选用带有切割装置的多功能保洁船。春夏季节，水葫芦、水草快速繁殖，大面积覆盖水面，阻隔阳光与水体空气交换，极易诱发水质恶化。保洁船前端切割设备能够切断水生植物，同步收集输送，避免水草持续蔓延。对于以塑料泡沫、落叶等轻质漂浮物为主的水域，通用型漂浮垃圾保洁船即可满足日常运维需求。
保洁船的长效使用，离不开规范运维管理。日常作业前，工作人员检查动力系统、传送带、收集滤网，防止杂物缠绕造成设备故障；作业结束后及时清空船舱，清理残留杂草垃圾，做好船体防腐保养。同时根据季节变化调整保洁频次，夏季水草生长旺盛、游客产生杂物增多，加密巡航打捞；汛期提前制定清漂预案，组织船只待命，及时疏导河道漂浮障碍物。
